Új hozzászólás Aktív témák

• #846 Thusor őstag

  Új Válasz 2016-10-14 21:12:01 #846

  Új hozzászólás

  Összes hozzászólása itt Válaszok az összes hozzászólására itt Válaszok erre a hozzászólásra

  Privát üzenet küldése

  

  Thusor

  őstag

  Tudnátok nekem abban segíteni, hogy egy matrix listát hogy tudnék átalakítani mátrixonként egy-egy fileba pythonnal:

  Ez egy példa lista a matrixokról:

  >MA0001.2 AGL3
A [22 16 25 27 0 0 82 40 56 35 65 25 64 0 33 52 45 21 ]
C [29 9 8 16 92 79 1 4 0 0 1 4 0 0 14 5 23 24 ]
G [34 29 4 13 0 0 2 3 1 0 4 3 28 92 15 7 13 26 ]
T [10 41 58 39 3 16 10 48 38 60 25 63 3 3 33 31 14 24 ]

>MA0002.2 RUNX1
A [ 287 234 123 57 0 87 0 17 10 131 500 ]
C [ 496 485 1072 0 75 127 0 42 400 463 158 ]
G [ 696 467 149 7 1872 70 1987 1848 251 81 289 ]
T [ 521 814 656 1936 53 1716 13 93 1339 1325 1053 ]

>MA0003.3 TFAP2A
A [1706 137 0 0 33 575 3640 1012 0 31 1865 ]
C [1939 968 5309 5309 1646 2682 995 224 31 4726 798 ]
G [ 277 4340 139 11 658 1613 618 5309 5309 582 1295 ]
T [1386 47 0 281 2972 438 56 0 0 21 1350 ]

>MA0004.1 Arnt
A [ 4 19 0 0 0 0 ]
C [16 0 20 0 0 0 ]
G [ 0 1 0 20 0 20 ]
T [ 0 0 0 0 20 0 ]

>MA0005.2 AG
A [21 9 10 29 0 0 31 47 52 25 17 19 7 2 22 45 40 15 ]
C [20 3 0 8 66 65 3 2 0 0 15 8 0 0 17 4 6 10 ]
G [ 6 3 1 8 0 0 6 0 1 1 11 20 57 54 5 5 9 16 ]
T [19 51 55 21 0 1 26 17 13 40 23 19 2 10 22 12 11 25 ]

>MA0006.1 Ahr::Arnt
A [ 3 0 0 0 0 0 ]
C [ 8 0 23 0 0 0 ]
G [ 2 23 0 23 0 24 ]
T [11 1 1 1 24 0 ]

  A feladat az lenne, hogy ezeket > utáni nevek alapján nevezi a fileokat .pfm kiterjesztéssel, valamint matrixonként. Illetőleg a matrixokból el kellene távolítania a kezdő "A", "C", "G", "T" betűket, valmint mindegyik sorból a "[" "]" jeleket is és úgy írja ki egy fileba.

  Eddig jutottal a python scripttel:

  import os
import sys

if len(sys.argv) < 2:
print 'Please, specify the input file name'
exit()

url = sys.argv[1]
f = open(url, 'r')
data = f.read()
f.close()

dirName = url.split('\\').pop().split('/').pop().split('.')[0]
if not os.path.exists('./' + dirName): os.makedirs('./' + dirName)

for matrix in data.split('>'):
if not matrix:
continue
name = matrix.splitlines()[0].replace('/', '_') + '.pfm'
f1 = open(dirName + '/' + name, 'w')
f1.write('\n'.join(matrix.splitlines()[1:]).replace('\t', ' '))
f1.close()

  Hozzá kéne még tenni a betűk és zárójelek eltávolítását. Ezt hogy tudnám megtenni? Előre is köszönöm a segítségeteket.

Új hozzászólás Aktív témák