Keresés

Új hozzászólás Aktív témák

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #959 üzenetére

    Loginra gondoltam. Mikor bejelentkezem terminalba akkor betoltse a PATH-ot.

  • Thusor

    őstag

    Nem vagyok túlságosan járatos a CentOS világában, eddig Ubuntu vonalon mozogtam. Viszont most mindenképpen a szegedi HPC környezetében kell dolgoznom, melyen CentOS 7.7 található. El tudnátok nekem mondani, hogy CentOS-en melyik fileba kell tennem a PATH-ot, hogy a mindig betöltésre kerüljön? Ubuntu alatt ugye ez a .profile vagy .bashrc esetleg .bash_profile.

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #511 üzenetére

    Igen, agrár kutatással foglalkozom. Elsősorban DNS szekvenálással, ami során rengeteg adat halmozódik fel a számítógépen és azokat kellene rendszereznem és analizálnom ezekkel a programokkal. Eddig ubuntu alapú disztrókat használtam erre a célre. Biolinux és társaik...de elég elavultak lettek mert már nem fejlesztik őket igazán. Az újabb programokat már nem fordítják bele. CentOS, Scientific linuxra mentek mostanság nagyon rá, De nekem még eléggé szoknom kell ezeket a RedHat alapú disztrókat mert más egy kicsit, mint az ubuntu.
    Ez a tároló CenOS-el nagyon jó lenne mert pont azok a programok vannak benne amik kellenek, de valami nem stimmel vele :D

    Megpróbálok írni a repó készítőjének hátha valamit kiötöl. Jelenleg VirtualBox-ban futtatom a CentOS-t, így egyszerűbben próbálgatom a dolgokat, a 6.6-ot is kipróbálom, hogy felteszem az agr-free repóból a progikat majd utána frissítek. 6.6-os verzió valahonnan letölthető? Ahogy néztem a CentOS honlapját 6.7 van csak fent.

    Repo priorities-el nem lehet gond mert beállítottam a linked alapján amit adtál. Működnie kellene elméletileg.
    Fordítgatással, vagy manuális installal nem szenvednék...egyszer már megcsináltam ubuntuban még régebben és 1 hetembe tellett mire mindent feltettem függőségekkel együtt :D De legvégsőbb esetben úgyis az lesz.

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #509 üzenetére

    Igazából ezekre lenne szükségem. Online is elérhetőek a készítők honlapjáról, de egyenként feltenni nem mindegyiket egyszerű, főleg a sok függőség miatt. Ezért gondoltam hátha egyszerűbb ebből a repoból ha már ott megcsinálták, de ezek szerint tévedtem.

    amos
    augustus
    bamtools
    clustalw
    cufflinks
    EMBOS5
    exonerate
    geneid
    hmmer
    tassel5
    tophat
    trinity
    bismark
    bowtie2
    bwa
    muscle

  • Thusor

    őstag

    válasz #82679040 #507 üzenetére

    Igen, meg volt a yum clean all.

    Vladi: CenOS 7-en ugyanez a baj. Forrásból telepítést hogy gondoltad?

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #504 üzenetére

    Priority plugin fent. Nano-val szerkesztve a repo fileok. De még mindig függőségi gondok.

    -> Finished Dependency Resolution
    Error: Package: geany-plugins-common-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: geany >= 0.20
    Error: Package: agr-devtools-cpp-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: filesystem >= 3
    Installed: filesystem-2.4.30-3.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
    filesystem = 2.4.30-3.el6
    Error: Package: agr-devtools-objc++-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: agr-devtools-gcc-c++ = 4.7.2-8.el6
    Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(PerlIO::gzip)
    Error: Package: emacs-wl-2.15.9-3.20120828gitd2f7ef9a.agr.noarch (agr-free)
    Requires: emacs-apel
    Error: Package: mercurial_keyring-0.5.5-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python-keyring
    Error: Package: perl-Bio-Graphics-2.29-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Statistics::Descriptive) >= 2.6
    Error: Package: 1:java-1.6.0-openjdk-devel-1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6.x86_64 (base)
    Requires: java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6
    Installed: 1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.38-1.13.10.0.el6_7.x86_64 (@updates)
    java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.38-1.13.10.0.el6_7
    Available: 1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6.x86_64 (base)
    java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6
    Error: Package: boost147-graph-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpich.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: geany-plugins-geanygendoc-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: ctpl-libs >= 0.3
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: numpy27
    Error: Package: agr-devtools-gcc-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: agr-devtools-runtime
    Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: /usr/bin/nawk
    Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl-PerlIO-gzip
    Error: Package: clisp-2.47-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libsigsegv.so.2()(64bit)
    Error: Package: 4:perl-Time-HiRes-1.9721-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: boost147-mpich2-python-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: cufflinks-2.1.1-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libbam.so.1()(64bit)
    Error: Package: perl-Array-Compare-2.02-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Moose)
    Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(SVG)
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: gsSeqTools
    Error: Package: geany-plugins-geanygendoc-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libctpl.so.2()(64bit)
    Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Graph::Directed)
    Error: Package: 1:perl-IO-Zlib-1.09-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: emacs-semi-1.14.6-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: flim
    Error: Package: boost147-mpich2-python-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpich.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Graph)
    Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(SVG) >= 2.26
    Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Statistics::Descriptive)
    Error: Package: breseq-0.23-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: samtools >= 0.1.15
    Error: Package: bismark-0.7.4-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: bowtie
    Error: Package: cegma-2.4-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: ncbi-blast >= 2.2.25
    Error: Package: 1:perl-Compress-Raw-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: boost147-graph-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: 1:perl-ExtUtils-CBuilder-0.27-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(MLDBM)
    Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpich.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python27-matplotlib-doc
    Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Tk::Tree)
    Error: Package: tophat-2.0.9-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libbam.so.1()(64bit)
    Error: Package: orthomcl-2.0.3-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl-Class-DBI-mysql
    Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(GraphViz)
    Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Set::Scalar)
    Error: Package: agr-devtools-objc++-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: agr-devtools-gcc-objc = 4.7.2-8.el6
    Error: Package: zfs-tools-0.4.1-14.20140924giteba4d69.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: zfs
    Error: Package: R-selectiongain-2.0.6-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: R-mvtnorm
    Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Statistics::Descriptive) >= 2.6
    Error: Package: agr-devtools-debuginfo-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: agr-devtools-gcc-base-debuginfo = 4.7.2-8.el6
    Error: Package: VirtualBox-GuestAdditions-4.2.16-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: dkms
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: /usr/bin/python27
    Error: Package: perl-Compress-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: perl-IO-Compress-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: perl-IO-Prompt-0.997001-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Want)
    Error: Package: VirtualBox-GuestAdditions-4.2.16-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: xorg-x11-server-Xorg < 1.14
    Installed: xorg-x11-server-Xorg-1.15.0-36.el6.centos.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
    xorg-x11-server-Xorg = 1.15.0-36.el6.centos
    Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
    libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
    Error: Package: emacs-semi-1.14.6-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: emacs-apel
    Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Graph)
    Error: Package: circos-0.63.4-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Text::Format)
    Error: Package: circos-0.63.4-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl-Text-Format
    Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Tk::Label)
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python(abi) = 2.7
    Installed: python-2.6.6-64.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
    python(abi) = 2.6
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: PyNAST27
    Error: Package: perl-forks-0.34-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Sys::SigAction) >= 0.11
    Error: Package: agr-devtools-gcc-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
    Requires: binutils >= 2.20.51.0.2-12
    Installed: binutils-2.20.51.0.2-5.43.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
    binutils = 2.20.51.0.2-5.43.el6
    Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(Statistics::Descriptive)
    Error: Package: perl-IO-Compress-Base-2.021-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: perl-Cache-Cache-1.06-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(IPC::ShareLite)
    Error: Package: wise2-2.4.1-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libglib-1.2.so.0()(64bit)
    Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: itk >= 3.4
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python27
    Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Tk)
    Error: Package: clisp-2.47-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libfcgi.so.0()(64bit)
    Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: iwidgets >= 4.0
    Error: Package: glibc-2.12-1.166.el6.i686 (base)
    Requires: glibc-common = 2.12-1.166.el6
    Installed: glibc-common-2.12-1.166.el6_7.7.x86_64 (@updates)
    glibc-common = 2.12-1.166.el6_7.7
    Available: glibc-common-2.12-1.166.el6.x86_64 (base)
    glibc-common = 2.12-1.166.el6
    Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: autoconf-archive
    Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl-Statistics-Descriptive
    Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: mpich2
    Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.i686 (base)
    mpich2 = 1.2.1-2.3.el6
    Error: Package: perl-Archive-Tar-1.58-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: PyCogent27
    Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Unicode::Map)
    Error: Package: perl-forks-0.34-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Sys::SigAction)
    Error: Package: R-msm-1.1.4-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: R-mvtnorm
    Error: Package: 1:perl-Package-Constants-0.02-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Jcode)
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python27-matplotlib
    Error: Package: SOAPdenovo2-2.04.240-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libbam.so.1()(64bit)
    Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: itcl >= 3.4
    Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: tklib >= 0.5
    Error: Package: perl-Bio-Graphics-2.29-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(GD::SVG) >= 0.32
    Error: Package: perl-Module-CoreList-2.18-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    Error: Package: emacs-wl-2.15.9-3.20120828gitd2f7ef9a.agr.noarch (agr-free)
    Requires: flim
    Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: python27-biom-format
    Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Spreadsheet::WriteExcel)
    Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: libgtextutils-0.6.so.0()(64bit)
    Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
    Requires: perl(SVG) >= 2.27
    Error: Package: 1:perl-Module-Build-0.3500-141.el6.x86_64 (base)
    Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
    Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
    perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
    Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
    perl = 4:5.10.1-141.el6
    You could try using --skip-broken to work around the problem
    You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #502 üzenetére

    Ez elkerülte a figyelmemet. Az agr-free.repo file a config file, amiben át kell állítanom a prioritásokat?

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #500 üzenetére

    Több programra lenne szükségem a tárolóból. De például az "amos" program telepítésekor ezzel a hibával áll le:

    Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl(Statistics::Descriptive)
    Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
    Requires: perl-Statistics-Descriptive
    You could try using --skip-broken to work around the problem
    You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest

    CPAN-al telepítettem elméletileg a perl Statistics::descriptive modulokat de még mindig arra hivatkozik, hogy nincs fent.

  • Thusor

    őstag

    válasz Vladi #498 üzenetére

    Rosszul írtam, nem 7 van fent hanem a 6.7-es verzió. Igen, azért tenném fel mind mert nem kezeli le a függőségeket. De még így se kezeli le...hogy tudnám rávenni a yum-ot, hogy a függőségeket telepítse? Olyanokon akad fent, hogy frissebb csomag van fent a függőségnek mint amit a repóból a program elvárna ezért nem települ. Illetőleg a repóban benne a függőség is, de akkor se telepíti fel hanem leáll hogy telepítsem a függőséget. Telepítem a függőséget de a program utána is arra hivatkozik hogy nincs teljesítve a függőség...
    Hogy tudnám ezt valahogy megoldani?

  • Thusor

    őstag

    CentOS 7 alatt hogy lehet azt megoldani, hogy egy harmadik féltől származó tároló összes rpm elemét feltegyem és ne egymás után manuálisan kelljen telepítenem a yum-al? Pontosabban erről a tárolóról beszélek.

Új hozzászólás Aktív témák

Hirdetés