- iPhone topik
- Fotók, videók mobillal
- Google Pixel 9 Pro XL - hét szűk esztendő
- Mobil flották
- Samsung Galaxy Z Flip7 - kis fogyás is sokat jelent
- Samsung Galaxy S24 Ultra - ha működik, ne változtass!
- Vékonyabb lett, jobb kamerát kapott, de az akku maradt a régi: itt a Fold7
- Samsung Galaxy S23 és S23+ - ami belül van, az számít igazán
- Macrodroid
- MIUI / HyperOS topik
-
Mobilarena
Új hozzászólás Aktív témák
-
Thusor
őstag
Nem vagyok túlságosan járatos a CentOS világában, eddig Ubuntu vonalon mozogtam. Viszont most mindenképpen a szegedi HPC környezetében kell dolgoznom, melyen CentOS 7.7 található. El tudnátok nekem mondani, hogy CentOS-en melyik fileba kell tennem a PATH-ot, hogy a mindig betöltésre kerüljön? Ubuntu alatt ugye ez a .profile vagy .bashrc esetleg .bash_profile.
-
Thusor
őstag
Igen, agrár kutatással foglalkozom. Elsősorban DNS szekvenálással, ami során rengeteg adat halmozódik fel a számítógépen és azokat kellene rendszereznem és analizálnom ezekkel a programokkal. Eddig ubuntu alapú disztrókat használtam erre a célre. Biolinux és társaik...de elég elavultak lettek mert már nem fejlesztik őket igazán. Az újabb programokat már nem fordítják bele. CentOS, Scientific linuxra mentek mostanság nagyon rá, De nekem még eléggé szoknom kell ezeket a RedHat alapú disztrókat mert más egy kicsit, mint az ubuntu.
Ez a tároló CenOS-el nagyon jó lenne mert pont azok a programok vannak benne amik kellenek, de valami nem stimmel veleMegpróbálok írni a repó készítőjének hátha valamit kiötöl. Jelenleg VirtualBox-ban futtatom a CentOS-t, így egyszerűbben próbálgatom a dolgokat, a 6.6-ot is kipróbálom, hogy felteszem az agr-free repóból a progikat majd utána frissítek. 6.6-os verzió valahonnan letölthető? Ahogy néztem a CentOS honlapját 6.7 van csak fent.
Repo priorities-el nem lehet gond mert beállítottam a linked alapján amit adtál. Működnie kellene elméletileg.
Fordítgatással, vagy manuális installal nem szenvednék...egyszer már megcsináltam ubuntuban még régebben és 1 hetembe tellett mire mindent feltettem függőségekkel együttDe legvégsőbb esetben úgyis az lesz.
-
Thusor
őstag
Igazából ezekre lenne szükségem. Online is elérhetőek a készítők honlapjáról, de egyenként feltenni nem mindegyiket egyszerű, főleg a sok függőség miatt. Ezért gondoltam hátha egyszerűbb ebből a repoból ha már ott megcsinálták, de ezek szerint tévedtem.
amos
augustus
bamtools
clustalw
cufflinks
EMBOS5
exonerate
geneid
hmmer
tassel5
tophat
trinity
bismark
bowtie2
bwa
muscle -
Thusor
őstag
Priority plugin fent. Nano-val szerkesztve a repo fileok. De még mindig függőségi gondok.
-> Finished Dependency Resolution
Error: Package: geany-plugins-common-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: geany >= 0.20
Error: Package: agr-devtools-cpp-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: filesystem >= 3
Installed: filesystem-2.4.30-3.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
filesystem = 2.4.30-3.el6
Error: Package: agr-devtools-objc++-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: agr-devtools-gcc-c++ = 4.7.2-8.el6
Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(PerlIO::gzip)
Error: Package: emacs-wl-2.15.9-3.20120828gitd2f7ef9a.agr.noarch (agr-free)
Requires: emacs-apel
Error: Package: mercurial_keyring-0.5.5-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python-keyring
Error: Package: perl-Bio-Graphics-2.29-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Statistics::Descriptive) >= 2.6
Error: Package: 1:java-1.6.0-openjdk-devel-1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6.x86_64 (base)
Requires: java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6
Installed: 1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.38-1.13.10.0.el6_7.x86_64 (@updates)
java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.38-1.13.10.0.el6_7
Available: 1:java-1.6.0-openjdk-1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6.x86_64 (base)
java-1.6.0-openjdk = 1:1.6.0.35-1.13.7.1.el6_6
Error: Package: boost147-graph-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpich.so.1.2()(64bit)
Error: Package: geany-plugins-geanygendoc-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: ctpl-libs >= 0.3
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: numpy27
Error: Package: agr-devtools-gcc-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: agr-devtools-runtime
Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: /usr/bin/nawk
Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl-PerlIO-gzip
Error: Package: clisp-2.47-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libsigsegv.so.2()(64bit)
Error: Package: 4:perl-Time-HiRes-1.9721-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: boost147-mpich2-python-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Error: Package: cufflinks-2.1.1-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libbam.so.1()(64bit)
Error: Package: perl-Array-Compare-2.02-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Moose)
Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(SVG)
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: gsSeqTools
Error: Package: geany-plugins-geanygendoc-0.21-3.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libctpl.so.2()(64bit)
Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Graph::Directed)
Error: Package: 1:perl-IO-Zlib-1.09-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: emacs-semi-1.14.6-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: flim
Error: Package: boost147-mpich2-python-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpich.so.1.2()(64bit)
Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Graph)
Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(SVG) >= 2.26
Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Statistics::Descriptive)
Error: Package: breseq-0.23-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: samtools >= 0.1.15
Error: Package: bismark-0.7.4-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: bowtie
Error: Package: cegma-2.4-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: ncbi-blast >= 2.2.25
Error: Package: 1:perl-Compress-Raw-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: boost147-graph-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Error: Package: 1:perl-ExtUtils-CBuilder-0.27-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(MLDBM)
Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpich.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpich.so.1.2()(64bit)
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python27-matplotlib-doc
Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Tk::Tree)
Error: Package: tophat-2.0.9-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libbam.so.1()(64bit)
Error: Package: orthomcl-2.0.3-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl-Class-DBI-mysql
Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(GraphViz)
Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Set::Scalar)
Error: Package: agr-devtools-objc++-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: agr-devtools-gcc-objc = 4.7.2-8.el6
Error: Package: zfs-tools-0.4.1-14.20140924giteba4d69.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: zfs
Error: Package: R-selectiongain-2.0.6-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: R-mvtnorm
Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Statistics::Descriptive) >= 2.6
Error: Package: agr-devtools-debuginfo-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: agr-devtools-gcc-base-debuginfo = 4.7.2-8.el6
Error: Package: VirtualBox-GuestAdditions-4.2.16-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: dkms
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: /usr/bin/python27
Error: Package: perl-Compress-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: perl-IO-Compress-Zlib-2.021-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: perl-IO-Prompt-0.997001-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Want)
Error: Package: VirtualBox-GuestAdditions-4.2.16-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: xorg-x11-server-Xorg < 1.14
Installed: xorg-x11-server-Xorg-1.15.0-36.el6.centos.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
xorg-x11-server-Xorg = 1.15.0-36.el6.centos
Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.x86_64 (base)
libmpichcxx.so.1.2()(64bit)
Error: Package: emacs-semi-1.14.6-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: emacs-apel
Error: Package: perl-BioPerl-1.6.901-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Graph)
Error: Package: circos-0.63.4-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Text::Format)
Error: Package: circos-0.63.4-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl-Text-Format
Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Tk::Label)
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python(abi) = 2.7
Installed: python-2.6.6-64.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
python(abi) = 2.6
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: PyNAST27
Error: Package: perl-forks-0.34-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Sys::SigAction) >= 0.11
Error: Package: agr-devtools-gcc-4.7.2-8.el6.x86_64 (agr-free)
Requires: binutils >= 2.20.51.0.2-12
Installed: binutils-2.20.51.0.2-5.43.el6.x86_64 (@anaconda-CentOS-201508042137.x86_64/6.7)
binutils = 2.20.51.0.2-5.43.el6
Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(Statistics::Descriptive)
Error: Package: perl-IO-Compress-Base-2.021-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: perl-Cache-Cache-1.06-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(IPC::ShareLite)
Error: Package: wise2-2.4.1-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libglib-1.2.so.0()(64bit)
Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: itk >= 3.4
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python27
Error: Package: perl-Data-Stag-0.11-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Tk)
Error: Package: clisp-2.47-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libfcgi.so.0()(64bit)
Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: iwidgets >= 4.0
Error: Package: glibc-2.12-1.166.el6.i686 (base)
Requires: glibc-common = 2.12-1.166.el6
Installed: glibc-common-2.12-1.166.el6_7.7.x86_64 (@updates)
glibc-common = 2.12-1.166.el6_7.7
Available: glibc-common-2.12-1.166.el6.x86_64 (base)
glibc-common = 2.12-1.166.el6
Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: autoconf-archive
Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl-Statistics-Descriptive
Error: Package: boost147-mpich2-1.47.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: mpich2
Available: mpich2-1.2.1-2.3.el6.i686 (base)
mpich2 = 1.2.1-2.3.el6
Error: Package: perl-Archive-Tar-1.58-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: PyCogent27
Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Unicode::Map)
Error: Package: perl-forks-0.34-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Sys::SigAction)
Error: Package: R-msm-1.1.4-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: R-mvtnorm
Error: Package: 1:perl-Package-Constants-0.02-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Jcode)
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python27-matplotlib
Error: Package: SOAPdenovo2-2.04.240-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libbam.so.1()(64bit)
Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: itcl >= 3.4
Error: Package: staden-tools-2.0.0b9-2.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: tklib >= 0.5
Error: Package: perl-Bio-Graphics-2.29-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(GD::SVG) >= 0.32
Error: Package: perl-Module-CoreList-2.18-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
Error: Package: emacs-wl-2.15.9-3.20120828gitd2f7ef9a.agr.noarch (agr-free)
Requires: flim
Error: Package: qiime-1.5.0-10.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: python27-biom-format
Error: Package: R-gdata-2.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Spreadsheet::WriteExcel)
Error: Package: fastx-toolkit-0.0.13.2-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: libgtextutils-0.6.so.0()(64bit)
Error: Package: perl-SVG-Graph-0.02-1.agr.noarch (agr-free)
Requires: perl(SVG) >= 2.27
Error: Package: 1:perl-Module-Build-0.3500-141.el6.x86_64 (base)
Requires: perl = 4:5.10.1-141.el6
Installed: 4:perl-5.10.1-141.el6_7.1.x86_64 (@updates)
perl = 4:5.10.1-141.el6_7.1
Available: 4:perl-5.10.1-141.el6.x86_64 (base)
perl = 4:5.10.1-141.el6
You could try using --skip-broken to work around the problem
You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest -
Thusor
őstag
Több programra lenne szükségem a tárolóból. De például az "amos" program telepítésekor ezzel a hibával áll le:
Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl(Statistics::Descriptive)
Error: Package: amos-3.1.0-1.agr.x86_64 (agr-free)
Requires: perl-Statistics-Descriptive
You could try using --skip-broken to work around the problem
You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigestCPAN-al telepítettem elméletileg a perl Statistics::descriptive modulokat de még mindig arra hivatkozik, hogy nincs fent.
-
Thusor
őstag
Rosszul írtam, nem 7 van fent hanem a 6.7-es verzió. Igen, azért tenném fel mind mert nem kezeli le a függőségeket. De még így se kezeli le...hogy tudnám rávenni a yum-ot, hogy a függőségeket telepítse? Olyanokon akad fent, hogy frissebb csomag van fent a függőségnek mint amit a repóból a program elvárna ezért nem települ. Illetőleg a repóban benne a függőség is, de akkor se telepíti fel hanem leáll hogy telepítsem a függőséget. Telepítem a függőséget de a program utána is arra hivatkozik hogy nincs teljesítve a függőség...
Hogy tudnám ezt valahogy megoldani? -
Thusor
őstag
CentOS 7 alatt hogy lehet azt megoldani, hogy egy harmadik féltől származó tároló összes rpm elemét feltegyem és ne egymás után manuálisan kelljen telepítenem a yum-al? Pontosabban erről a tárolóról beszélek.
Új hozzászólás Aktív témák
Hirdetés
- Melyik tápegységet vegyem?
- Kodi és kiegészítői magyar nyelvű online tartalmakhoz (Linux, Windows)
- Kettő együtt: Radeon RX 9070 és 9070 XT tesztje
- Házi barkács, gányolás, tákolás, megdöbbentő gépek!
- The Division 2 (PC, XO, PS4)
- iPhone topik
- Formula-1
- Milyen belső merevlemezt vegyek?
- Cpu?
- Mibe tegyem a megtakarításaimat?
- További aktív témák...
- Kaspersky, McAfee, Norton, Avast és egyéb vírusírtó licencek a legolcsóbban, egyenesen a gyártóktól!
- Sea of Thieves Premium Edition és Egyéb Játékkulcsok.
- Több mint 70.000 eladott szoftverlicenc
- Windows, Office licencek kedvező áron, egyenesen a Microsoft-tól - Automata kézbesítés utalással is!
- Windows 10 11 Pro Office 19 21 Pro Plus Retail kulcs 1 PC Mac AKCIÓ! Automatikus 0-24
- Bomba ár! Dell Inspiron 15 5578 2in1: i7-7GEN I 16GB I 256SSD I 15,6" FHD Touch I Cam I W11 I Gari!
- Lenovo Thinkpad L14 Gen 4 -14"FHD IPS - i5-1335U - 8GB - 256GB - Win11 - 2 év garancia - MAGYAR
- Telefon felvásárlás!! iPhone 12 Mini/iPhone 12/iPhone 12 Pro/iPhone 12 Pro Max
- Bitcoin miner Bitmain Antminer S9 S9I 13.5 - 14 Th 1250W eladó
- Oppo Reno7 5G 256GB, Kártyafüggetlen, 1 Év Garanciával
Állásajánlatok
Cég: PCMENTOR SZERVIZ KFT.
Város: Budapest