A Nokia N96 európai variációjához elérhető szoftverfrissítés immáron az amerikai variánshoz (N96-3 – NAM) is elérhetővé vált. A v12 firmware nem csak lényegesen gyorsabb, mint az előző szoftver, de számos ismert hibára is kínál gyógyírt. Az új szoftver jobb képminőséggel kecsegtet, ráadásul a záridő megfelelő kiválasztása révén elkerülhetőek a bemozdult képek még sötétebb környezetben is. A javított Bluetooth szoftver és a kliensprogram letöltése után teljes Nokia Email kompatibilitás épp oly fontos lehet, mint az olyan zavaró hibák kiküszöbölése, mint a videólejátszás közbeni automatikus billentyűzár bekapcsolása, sok címzett esetén az üzenet automatikus MMS-re konvertálása, a Zenetár frissítés közbeni fagyások, a szundi funkció hibás működése vagy az USB háttértár funkcióból való kilépés után az alap téma visszaállítása. Az új Nokia N96 firmware telepítése a Nokia Software Update szolgáltatásán keresztül lehetséges.
