Az új iPod modellek mellett bemutatásra került iPhone 3.1 frissítés is, mely számos új és javított funkcióval kecsegtet. A Nokia alapötletéből kiindulva az Apple is beindította „Genius Recommendations” névre keresztelt szolgáltatását, mely az online piactéren található alkalmazások közül képes a felhasználó számára újakat ajánlani a korábbi letöltések alapján. Szintén újdonság a „Genius Mixes”, mely a saját iTunes zenetárból képes egy tucat lejátszási listát összeállítani, valamint mostantól 30.000 csengőhang közül is lehet válogatni 1,29 dolláros darabáron. Az iPhone 3.1 immáron képes lementeni a videókat a multimédiás üzentekből és levelekből, a szerkesztett videók mostantól új néven is elmenthetőek, a MobileMe segítségével távolról is lezárható a készülék, Bluetooth headset segítségével is használhatóvá váltak a hangutasítások, a Safari mostantól figyelmeztetni tud adathalász vagy rossz szándékú kódokat tartalmazó oldalak megnyitásakor, átdolgozott Microsoft Exchange támogatást és javított szinkronizálási funkciókat kapott.