A korábbi várakozásoknak megfelelően a Nexus S az elsők között kapta meg az Android 4.1 Jelly Bean rendszerfrissítést, mely érkezését a keresőóriás a Google+ és a Twitter közösségi oldalakon is megerősítette. A közvetlenül a készüléken telepíthető (OTA) változat egyelőre nem minden szolgáltató hálózatán érhető el, de az európai O2 (Telefónica), T-Mobile és Vodafone csoport jóváhagyását már megszerezte. A Google tervei szerint a következő hetek során világszerte valamennyi Nexus S tulajdonos számára elérhető lesz az Android rendszer számos újdonsággal kecsegtető frissített változata.